LCE Kotisivu

Laskennallinen systeemibiologia


TKK / Laskennallisen tekniikan laboratorio
Akat.prof. Kimmo Kaski Kimmo.Kaski@hut.fi
TkT Aki Vehtari Aki.Vehtari@hut.fi

Esittely

Laskennallisen systeemibiologian opinnoissa perehdytään biosysteemien molekyyli-, solu- ja kudostason rakenteiden ja prosessien perustaan, matemaattiseen mallinnukseen ja data-analyysiin, sekä näissä tarvittavien laskennallisten menetelmien ja informaatiokäsittelytekniikoiden toteutukseen. Tutkimuksen ja sovellusten kannalta keskeisiä kysymyksiä ovat esimerkiksi solun toiminnan tasolla mm. DNA-sekvenssiin sisältyvä informaatio, geeniregulaatio, proteiinin rakenne ja proteiini-vuorovaikutukset, metabolia- ja signalointiväylät ja -verkostot sekä näissä vaikuttavat fysikaalis-kemialliset mekanismit.

Koulutus pyrkii palvelemaan yhtäältä bioinformatiikan ja systeemibiologian ja toisaalta biosysteemien fysikaalisten ja kemiallisten ominaisuuksien tutkimuksen ja teknisten sovellusten tarpeita, joilla on keskeinen rooli mm. lääketieteessä, geeniteknologiassa, lääkeaineteollisuudessa ja muussa biotekniikassa. Näiden alojen tutkimusta ja tekniikkaa varten koulutus pyrkii antamaan monipuolisia valmiuksia matemaattisessa analyysissa ja mallinnuksessa, tilastomatematiikassa, signaalinkäsittelyssä, hahmontunnistuksessa ja kuva-analyysissa, tietokantatekniikassa, laskennallisessa ja statistisessa fysiikassa, informaatioteoriassa sekä suurteho- ja rinnakkaislaskennassa.

Pää-/sivuaineen tavoitteena on kouluttaa monipuolisia osaajia, joiden odotetaan sijoittuva tutkimus-, koulutus-, tuotekehitys-, suunnittelu- ja konsultointitehtäviin yliopistoissa, tutkimuslaitoksissa, lääketeollisuudessa ja biotekniikkayrityksissä sekä kasvavassa määrin tietoteollisuusalan yrityksissä.

Pää-/sivuaineen rakenne

Pakolliset
S-114.100 Laskennallinen tiede* (3 ov)
S-114.310 Mallintamisen ja informaatioteorian perusteet (2 ov)
S-114.500 Solubiosysteemien perusteet* (3 ov)
S-114.510 Laskennallinen systeemibiologia (3 ov)
Valitse seuraavista niin että 20 ov täyttyy
S-114.200 Laskennallisen tekniikan erikoiskurssi I (4 ov) L
S-114.230 Yksilöllisiä laskennallisen tekniikan opintoja (1-6 ov) LV
S-114.250 Laskennallisen tieteen erikoiskurssi (4 ov) L
S-114.260 Molekyylilaskenta (4-6 ov) L
S-114.270 Laskennallinen solubiologia (3-6 ov)
S-114.520 Laskennallisen systeemibiologian erikoistyö (2-5 ov) L
S-114.600 Bayesilaisen mallintamisen perusteet (2 ov)
S-72.343 / T-79.165 Graafiteoria (3 ov)
S-72.340 Information Theory (3 ov)
S-88.200 Statistical Signal Processing (3 ov)
T-61.246 Digitaalinen signaalinkäsittely ja suodatus (4 ov)
T-79.161 Kombinatoriset algoritmit (2 ov) L
T-106.253 Tietorakenteet ja algoritmit Y (3-5 ov)
Mat-2.103 Koesuunnittelu ja tilastolliset mallit (2,5 ov)
Mat-2.104 Tilastollisen analyysin perusteet (2,5 ov) L
Mat-2.111 Stokastiset prosessit (3 ov) L
Mat-2.112 Tilastolliset monimuuttujamenetelmät (2-4 ov) L
Tfy-3.363 Johdatus pehmeän aineen fysiikkaan (3 ov) L
Tfy-3.364 Statistinen fysiikka ja termodynamiikka (4,5 ov) L
Tfy-99.262 Elollisen aineen fysiikka I (biofysiikka) (3 ov)
Tfy-99.264 Elollisen aineen fysiikka III (molekulaarinen biofysiikka) (3 ov) L
Kem-30.326 Mikrobiologia (4 ov)
Kem-30.501 Molekyylibiologian ja geenitekniikan menetelmät (2 ov)
Kem-31.500 / Kem-30.500 Biokemia, biofysikaalinen kemia ja bioenergetiikka (4 ov)
Kem-70.550 Bioprosessit (2 ov)
Kem-70.552 Bioprosessi- ja metaboliamallinnus (4 ov)

* Opintojakso on valittava mikäli se ei sisälly tutkinnon I osaan tai suunnan opintoihin.


Tästä sivusta vastaa www@lce.hut.fi
Sivua on viimeksi päivitetty 24.11.2005
URL: http://www.lce.hut.fi/teaching/sysbio.html