LCE Kotisivu

S-114.510 Laskennallinen systeemibiologia L

Kevät 2005 (3 ov)

27+13 (2+1) kl

Opettaja

Luennot: Dos. Jukka Heikkonen ja vierailevia asiantuntijoita.

Sisältö

Opintojaksossa käsitellään keskeisimpiä systeemibiologian laskennallisia menetelmiä liittyen geenikartoitukseen, DNA ja RNA sekvenssien ja mikrosirujen analysointiin (genomiikka) ja proteiinien rakenteeseen (proteomiikka).

Aikataulu

Aika:Alkaen 19.1.2005: Luennot keskiviikkoisin klo 10-12 ja harjoitukset keskiviikkoisin klo 12-13

Paikka: Laskennallisen tekniikan laboratorion luentosali B317, Innopoli 2, Tekniikantie 14, 3. kerros.

Suoritus

Tentti ja seminaariesitelmä. Tentistä saa maksimissaan 40 pistettä ja seminaariesitelmästä maksimissaan 5 pistettä. Seminaariesitelmä sisältää sekä suullisen esityksen (noin 20-30min) ja palautettavan kirjallisen osuuden.

1. tenttipäivä ma 9.5.2004 klo 9-12 sali S4

2. tenttipäivä 1.9.2005 TULOKSET

Tentissä hallittava luennoilla ja harjoituksissa läpikäydyt asiat. Vierailevien luennoitsijoiden aihepiiristä saattaa myös tulla kysymyksiä, samoin kuin opiskelijoiden pitämistä seminaariesitelmistä.

Kirjasta Ewens W.J. and Grant G.R., Statistical methods in bioinformatics: an introduction, Springer, 2001, osalta lähinnä luentokelmujen asioita täydentävänä kannattaa lukea seuraavat osat: Luku 4 (Markovin ketjuista), luvut 5.1-5.3., luku 6, luvut 8.1-8.4. (pääpiirteittäin), luvut 10.1-10.4., luku 11 (kaavoja ei tarvitse opetella ulkoa), luvusta 12 boostrap osio, luku 13 ja 14.

Ilmoittautuminen

Luentojen yhteydessä tai sähköpostitse Jukka.Heikkonen@hut.fi

Luennot

Ohessa alustava ohjelma, joka vielä muuttunee luentojen edistyessä ja vierailevien asiantuntijoiden luentoaikojen varmistuessa.

Harjoitukset

Harjoitus1: ( Tehtävät ) ( Ratkaisut )
Harjoitus2: ( Tehtävät ) ( Ratkaisut )
Harjoitus3: ( Tehtävät ) ( Ratkaisut )
Harjoitus4: ( Tehtävät ) ( Ratkaisut )

Oheismateriaalia

CSC:n bioinformatiikan sanasto URL: http://www.csc.fi/molbio/sanasto/html/yleistiedot.html
Kurssi URL: http://www.cs.huji.ac.il/course/2002/cbio/handouts.html

Seminaariesitelmä

Seminaariesitelmänä kukin opiskelija (yksin tai pareittain) valmistelee kirjallisen esitelmän jostakin kirjan

  • Computational and statistical approaches to genomics, edited by Wei Zhang and Ilya Shmulevich, Kluwer academic publishers, 2002
  • luvusta, ja pitää harjoitustunnilla esitelmän (noin 30min) aiheesta. Seminaariesitelmä arvostellaan ja se vaikuttaa opintojakson loppuarvosanaan. Tentistä saa maksimissaan 40 pistettä ja seminaariesitelmästä 5 pistettä

    Esitelmäaika, esittäjä ja aihe: (Jos ajat loppuvat, niin samana päivänä on mahdollista olla 2 esitelmää)

    Kirjallisuus

    Linkkejä

    Lisätään myöhemmin

    Lisätietoja

    Dos. Jukka Heikkonen
    Teknillinen korkeakoulu
    Laskennallisen tekniikan laboratorio
    email: Jukka.Heikkonen@hut.fi


    Tästä sivusta vastaa Jukka.Heikkonen@hut.fi
    Sivua on viimeksi päivitetty 4.1.2005
    URL: http://www.lce.hut.fi/teaching/S-114.510/