LCE Kotisivu

S-114.500 Solubiosysteemien perusteet

Syksy 2003 (3 ov)

42+0 (3+0) sl

Kurssi kuuluu Laskennallisen systeemibiologian pääaineen opintoihin. Kurssi kuuluu myös Bioinformaatioteknologian koulutusohjelman Biolaskennan suunnan opintoihin, ja voidaan sisällyttää valinnaisena koulutusohjelman I osan opintoihin.

Opettaja

FT Peter Engelhardt ja vierailevia asiantuntijoita.

Sisältö

Opintojakso antaa perusteet solubiosysteemien toimintaan keskittyen genomiikkaan (geenit, DNA ja RNA) ja proteomiikkaan (proteiinien synteesi ja rakenne ja vuorovaikutukset).

Aikataulu

Aika: Luennot keskiviikkoisin klo 10-13.

Paikka: Laskennallisen tekniikan laboratorion luentosali B317, Innopoli 2, Tekniikantie 14, 3. kerros.

Kurssille ilmoittautuminen

Ensimmäisellä luennolla tai sähköpostilla.

Suoritus

Tentti ja harjoitustyö.

Tammikuun tentti: Ti 13.01.2004 klo 9.00 - 12.00 luentosali B317, Innopoli 2

Luennot

Luento Aika Aihe Materiaali
1. 10.09. klo 14-16 Katsaus: Pre-genominen kausi.  
2. 17.09. klo 10-12 Pre-genominen kausi ja Human Genome Projekti (HGP).  
3. 24.09. klo 10-12 Solujen rakenne ja time-laps elävistä soluista  
4. 01.10. klo 10-12 Prof. Yoshinori Fujiyoshi: Kalvoproteiinien rakenne ja toiminta.  
5. 08.10. klo 10-13 DNA:n rakenne, replikaatio ja organisaatio.  
6. 15.10. klo 10-13 Central Dogma. DNA->RNA: RNA synteesi ja transkriptiomekanismit. DNA->RNA->Proteiini: Proteiinisynteesi ja translaatiomekanismit.  
7. 22.10. klo 10-13 Prof. Ale Närvänen: Bioaktiiviset peptidit: etsintä, rakenneanalyysi ja käyttö lääketieteessä.
Klo 12-13 Harjoitustyö: Heli Juntunen: Independent Components In Discrete Biosequences
ic_Juntunen.pdf
8. 29.10. klo 10-13 Prof. Tomi Mäkelä: Omiikat.
Klo 12-13 Harjoitustyö: Mia Helanto ja Kristiina Kiviharju: Computer Aided Modeling of a Fructose Repressor
Fructose_mod_doc.pdf Fructose_mod.pdf
9. 05.11. klo 10-13 Prof. Carl G. Gahmberg: Solukalvojen rakenne.
Klo 12-13 Harjoitustyö: Jaakko Niemi ja Ilpo Tertsonen: DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen
Dna_rna_prot_doc.pdf Dna_rna_prot.pdf
10. 12.11. klo 10-13 Dr. Mike Merckel: Protein structure (in English)
Klo 12-13 Harjoitustyöt: Raisa Jokiaho ja Johanna Karimäki: Crystallography
Vesa Riihimäki: DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen
Xray_crystallography.pdf
RNAstructure.pdf
RNAstructure.ppt
11. 19.11. klo 10-13 Dr. Udyant Kumar: The Control of Gene Expression (in English).
Klo 12-13 Harjoitustyöt: Jaakko Kuurne ja Niko Lankinen: Molekyylien visualisointi
Mika Toivanen: Simulation of metabolic networks in lactic acid bacterium
Sim_metabol_net_doc.pdf
Sim_metabol_net.pdf
Mol_vis.pdf
Mol_vis.ppt
12. 26.11. klo 10-13 Dr. Mikael Peräkylä: Tarkat tietokonesimulaatiot proteiinien rakenteen ja toiminnan tutkimisessa.
Klo 12-13 Harjoitustyö: Mika Salonoja ja Timo Miettinen: Kompleksisen tautigeenin kloonausmenetelmiä.
Gene_pred.pdf
Gene_clone.pdf
13. 03.12. klo 10-13 Prof. C-H. von Bonsdorff: Virukset.
Prof. Veikko Sorsa: Kromosomien rakenne.
Klo 12-13: Harjoitustyöt: Pasi Lindholm: Protein structure databases and their use
Jukka Zitting ja Juha Jokinen: TBA
Jussi Rytkönen: TBA
Protein_DB_P_Lindholm_1.pdf

Kurssimateriaalia

Vuoden 2002 kurssin materiaalia.

Harjoitustyö

Harjoitustyönä kurssissa on tutustua solun rakennebiologiaan liittyviin ohjelmiin. Harjoitustyö tehdään 1-2 hengen ryhmissä ja kukin ryhmä sopii Peter Engelhardtin kanssa työssä käsiteltävän aihealueen oheisesta listasta (joko luentojen yhteydessä tai emailitse).

Kukin ryhmä tutustuu internetin avulla aihealueeseen liittyviin ohjelmiin, niiden ominaisuuksiin ja esimerkkeihin siitä mitä niillä voi tehdä. Harjoitustyön tuloksista kukin ryhmä pitää puolen tunnin (keskiviikkoisin viimeinen tunti varattu esitelmiin) esitelmän ja laatii kirjallisen raportin aiheesta.

Harjoitustyö arvostellaan ja työstä on mahdollista saada maksimissaan 10 lisäpistettä tenttiin (Tentissä 5 kysymystä, maksimipistemäärä 25). Harjoitustyön hyväksyntä (vähintään 1p) on välttämätön kurssin läpäisemiseksi.

Aihealueet, katso WWW-sivulta
http://www.ks.uiuc.edu/Development/biosoftdb/biosoft.cgi
lista aihealueeseen liittyvistä ohjelmista. Kukin ryhmä valitsee harkintansa mukaan työssä käsiteltävät ohjelmat.

  1. DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen (DNA, RNA and Protein Structure Prediction)
  2. Molekyylien rakentaminen (Molecular Building)
  3. Molekyylien interaktio (Molecular Docking)
  4. Molekyylien dynamiikka (Molecular Dynamics)
  5. Molekyylien visualisointi (Molecular Visualization)
  6. Proteiinien rakenneanalyysi ja tunnistaminen (Protein Structure Analysis and Verification)

Harjoitustyössä liittyvissä asioissa voi ottaa yhteyttä kurssin pitäjään Peter Engelhardtiin.

Kirjallisuus

[kuva kirjasta]

Tenttikirja:

Jyrki Heino, Matti Vuento:
Solubiologia.
WSOY. 2002.
ISBN 951-0-25923-3 (Nidottu)

Kurssi on mahdollista suorittaa myös tenttimällä erikseen sovittavat kirjat (tai osia kirjoista), mukaan lukien seuraavat:

Linkkejä

Kurssi 2003

Kurssi 2003

Kurssin osallistujia potretissa viimeisen luennon jälkeen 3.12.2003.

Lisätietoja

FT Peter Engelhardt
Helsingin yliopisto
Haartman Instituutti
email: Peter.Engelhardt@helsinki.fi


Tästä sivusta vastaa www@lce.hut.fi
Sivua on viimeksi päivitetty 20.09.2004
URL: http://www.lce.hut.fi/teaching/S-114.500/k2003/