LCE Kotisivu

S-114.500 Solubiosysteemien perusteet

Syksy 2002 (3 ov)

42+0 (3+0) sl

Opettaja

FT Peter Engelhardt ja vierailevia asiantuntijoita.

Sisältö

Opintojakso antaa perusteet solubiosysteemien toimintaan keskittyen genomiikkaan (geenit, DNA ja RNA) ja proteomiikkaan (proteiinien synteesi ja rakenne ja vuorovaikutukset).

Aikataulu

Aika: Luennot keskiviikkoisin klo 14-17.

Paikka: Laskennallisen tekniikan laboratorion luentosali B317, Innopoli 2, Tekniikantie 14, 3. kerros.

Suoritus

Tentti ja harjoitustyö.

Luennot

Luento Aika Aihe Materiaali
1. 11.09. klo 14-16 Katsaus: Pre-genominen kausi  
2. 12.09. klo 14-15 Pre-genominen kausi ja Human Genomi Projekti (HGP)  
3. 18.09. klo 14-15 Solujen rakenne ja time-laps elävistä soluista  
4. 25.09. klo 14-17 DNA:n rakenne, replikaatio ja organisaatio  
5. 2.10. klo 14-17 Central Dogma 1:DNA->RNA, Transkriptio: RNA synteesi ja sen säätö  
6. 9.10. klo 14-17 Central Dogma 2:DNA->RNA->Proteini: Proteiinisynteesi ja translaatiomekanismit  
7. 16.10. klo 14-17 Proteiinien rakenne  
8. 23.10. klo 14-16 Vieraileva asiantuntija: Dr. Michael Merckel: Protein Structure and Folding.
Klo 16-17: Keskustelu aiheesta/harjoitustöistä.
 
9. 30.10. klo 14-16 Vieraileva asiantuntija: Prof. Veikko Sorsa: DNA:n ja kromosomien rakennetutkimuksen vaiheita.
Klo 16-17: Keskustelu aiheesta/harjoitustöistä.
 
10. 6.11. klo 14-16 Vieraileva asiantuntija: Prof. Tomi Mäkelä: Omiikat.
Klo 16-17: Harjoitustyön 1. esittely ja keskustelu.
Teemu Toivonen ja Päivi Johanna Siivola:
Bioperl kirjasto, ja sen soveltaminen laskennalliseen systeemibiologiaan.
Bioperl.pdf
11. 13.11. klo 14-16 Vieraileva asiantuntija: DI Jouko Seppänen: Systeemi- ja malliajattelu biotieteissä.
Klo 16-17: Harjoitustyön 2. esittely ja keskustelu.
Liisa-Ida Sorsa: The Virtual Cell Software: solun toiminnan mallintamista.
VirtualCell.pdf
VirtualCell.ppt
12. 20.11. klo 14-16 Vieraileva asiantuntija: Prof. C-H von Bonsdorff: Virukset.
Klo 16-17: Harjoitustyön 3. esittely ja keskustelu.
Aatu Kaapro ja Janne Ojanen: Protein docking.
Protdock.pdf
13. 27.11. klo 14-16 Vieraileva asiantuntija: Prof. Paavo Kinnunen: Lipids as structural elements in biomembranes
Klo 16-17: Harjoitustyön 4. esittely ja keskustelu.
Leo Lahti: Laskennallisia näkökulmia proteiinien laskostumiseen.
Foldaus.pdf
Foldaus.ppt
14. 4.12. klo 14-16 Vieraileva asiantuntija: FT, dos. Ove Eriksson: Mitokondriot.
Klo 16 alkaen: Harjoitustöiden 5-7. esittely ja keskustelu.
Mika Tarvainen: Proteiinien rakenneanalyysi
Justus Dahlen: Molekyylien visualisointi, VMD ja gOpenMol ohjelmat.
Janne Mäntylä: Visualization of Complex Molecules
Valkuaisaine.pdf Visualization.ppt

Kurssimateriaalia

Harjoitustyö

Harjoitustyönä kurssissa on tutustua solun rakennebiologiaan liittyviin ohjelmiin. Harjoitustyö tehdään 1-2 hengen ryhmissä ja kukin ryhmä sopii Peter Engelhardtin kanssa työssä käsiteltävän aihealueen oheisesta listasta (joko luentojen yhteydessä tai emailitse).

Kukin ryhmä tutustuu internetin avulla aihealueeseen liittyviin ohjelmiin, niiden ominaisuuksiin ja esimerkkeihin siitä mitä niillä voi tehdä. Harjoitustyön tuloksista kukin ryhmä pitää puolen tunnin (keskiviikkoisin viimeinen tunti varattu esitelmiin) esitelmän ja laatii kirjallisen raportin aiheesta.

Harjoitustyö arvostellaan ja työstä on mahdollista saada maksimissaan 10 lisäpistettä tenttiin (Tentissä 5 kysymystä, maksimipistemäärä 25). Harjoitustyön hyväksyntä (vähintään 1p) on välttämätön kurssin läpäisemiseksi.

Aihealueet, katso WWW-sivulta
http://www.ks.uiuc.edu/Development/biosoftdb/biosoft.cgi
lista aihealueeseen liittyvistä ohjelmista. Kukin ryhmä valitsee harkintansa mukaan työssä käsiteltävät ohjelmat.

  1. DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen (DNA, RNA and Protein Structure Prediction)
  2. Molekyylien rakentaminen (Molecular Building)
  3. Molekyylien interaktio (Molecular Docking)
  4. Molekyylien dynamiikka (Molecular Dynamics)
  5. Molekyylien visualisointi (Molecular Visualization)
  6. Proteiinien rakenneanalyysi ja tunnistaminen (Protein Structure Analysis and Verification)

Harjoitustyössä liittyvissä asioissa voi ottaa yhteyttä kurssin pitäjään Peter Engelhardtiin.

Kirjallisuus

[kuva kirjasta]

Tenttikirja:

Jyrki Heino, Matti Vuento:
Solubiologia.
WSOY. 2002.
ISBN 951-0-25923-3 (Nidottu)

Kurssi on mahdollista suorittaa myös tenttimällä erikseen sovittavat kirjat (tai osia kirjoista), mukaan lukien seuraavat:

Linkkejä

Kurssi 2002

Kurssi 2002

Kurssin osallistujia potretissa viimeisen luennon jälkeen 4.12.2002.
Vasemmalta oikealle: Jouko Seppänen, Aatu Kaapro, Jukka Heikkonen, Janne Mäntylä, Teemu Toivonen, Peter Engelhardt, Justus Dahlen, NN, Mika Tarvainen.

Lisätietoja

FT Peter Engelhardt
Helsingin yliopisto
Haartman Instituutti
email: Peter.Engelhardt@helsinki.fi


Tästä sivusta vastaa www@lce.hut.fi
Sivua on viimeksi päivitetty 30.01.2003
URL: http://www.lce.hut.fi/teaching/S-114.500/k2002/