LCE Kotisivu

S-114.2500 Solubiosysteemit

Syksy 2005 (5 op)

I-II
HUOM: Tämä kurssi korvaa kurssin S-114.500.

Kurssi kuuluu Laskennallinen ja kognitiivinen biotieteen pääaineen jatkomoduulin Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede opintoihin.

Opettaja

FT Peter Engelhardt, FM Margareta Segerståhl ja vierailevia asiantuntijoita.

Sisältö

Opintojakso antaa perusteet solubiosysteemien toimintaan keskittyen genomiikkaan (geenit, DNA ja RNA), proteomiikkaan (proteiinien synteesi ja rakenne ja vuorovaikutukset) soluaineenvaihduntaan ja signalointiin.

Aikataulu

Aika: Luennot keskiviikkoisin klo 10-13. Luennot alkavat 14.09.

Paikka: Laskennallisen tekniikan laboratorion luentosali B317, Innopoli 2, Tekniikantie 14, 3. kerros.

Kurssille ilmoittautuminen

Ensimmäisellä luennolla tai sähköpostilla.

Suoritus

Tentti ja harjoitustyö. Lectures and the course exercises (presentations, oral and literal) by the students will (preferably) be in English.

Katso syksyn 2005 tenttilista
Katso kevään 2006 tenttilista [koodin mukaan järjestettynä tästä]

Luennot

Alustava suunnitelma johon voi tulla vielä pieniä muutoksia mm. vierailijaluennoitsijoiden vuoksi

Luento Aika Luennoitsija/Aihe Materiaali
1. 14.09. klo.10-12 Peter Engelhardt: Introduction, contents of the course and historical view  
2.  21.09. klo.10-13 Peter Engelhardt: Cell structure: organelles and function  
3. 28.09. klo.10-13. Peter Engelhardt: Central dogma: DNA -> RNA -> protein. Serial lectures held by students (below)  
4. 05.10. klo.10-13 Ove Eriksson: Cell metabolism I  
5. 12.10. klo.10-13  Ove Eriksson: Cell metabolism II  
6. 19.10. klo.10-13 Mike Merckel: Proteins: structure, folding, and domains. LECTURE-SysBio-051019.ppt*
7. 26.10. klo.10-13 Tomi Mäkelä: Gene regulation: promoters and gene interactions MakelaBioIT261005.pdf*
8. 02.11. klo.10-13 Peter Engelhardt: Chromosome structure  
9. 09.11. klo.10-13 Peter Engelhardt: Material and methods  
10. 16.11. klo.10-13  Eero Castrén: From cells to information: special features of nerve cells.
Abhishek Paliwal: Saccharomyces Cerevisiae: A model organism in biology
Juho Ojala: MD-simulaatiot
MD-simulaatiot.pdf
11. 23.11. klo.10-13 Margareta Segerståhl: Cell cycle, from cell to tissue and developmental biology I
Joni Nikkanen ja Tiina Hietanen: Mikrosirut
Laura Pombo: DNA, RNA Protein Structure Prediction
Tomi Peltola: The Hallmarks Of Cancer

cancer.pdf*
presentacionWordBasic893DE.pdf
PRESENTATION88.ppt

12.

30.11. klo.10-13

Margareta Segerståhl: Cell cycle, from cell to tissue and developmental biology II
Ville Salmensuu: Molekyylien visualisointi
Maria Sipilä: PCR
Niina Sandholm ja Antti Niinikoski: Proteiinirakenteen mallintaminen

PCR.pdf
PCR_ polymerace_chain_reaction.ppt
mallintaminen.pdf
translation.pdf
protsku

* Tekijänoikeussyistä materiaali on suojattu käyttäjätunnuksella ja salasanalla. Kurssille ilmoittautuneet voivat pyytää niitä Peter Engelhardtilta.

28.09. 2005 DNA->RNA->proteiini (Central dogma).

Following students  (below) will present short (10-20 min) lectures (in English) on the matter:

Basic source material:

MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL 4th edition, Alberts et al., 2002. 

CHAPTER 5. DNA REPLICATION, REPAIR, AND RECOMBINATION
 1. Tiina Hietanen: DNA REPLICATION MECHANISMS (pp. 238-253).
 2. Tomi Peltola: THE INITIATION AND COMPLETION OF DNA REPLICATION...(pp. 255-265).
 3. Maria Sipilä: DNA REPAIR (pp. 267-274).
 4. Ville Salmensuu: GENERAL RECOMBINATION (pp.275-284).
 5. Juho Ojala SITE-SPECIFIC RECOMBINATION (pp. 286-297) (Liite: Concept Map)

 CHAPTER 6. HOW CELL READS THE GENOME: FROM DNA TO PROTEIN
 5. Laura Pombo: FROM DNA TO RNA (pp. 302-332).
 6. Niina Sandholm: FROM RNA TO PROTEIN (pp. 335-365).
 7. Antti Niinikoski: THE RNA WORLD AND THE ORIGINS OF LIFE (pp.365-373)

Ohjeistus

Harjoitustyö

Lectures and the course exercises (presentations, oral and literal) by the students will (preferably) be in English.

Harjoitustyönä kurssissa on tutustua solun rakennebiologiaan liittyviin ohjelmiin. Harjoitustyö tehdään 1-2 hengen ryhmissä ja kukin ryhmä sopii Peter Engelhardtin kanssa työssä käsiteltävän aihealueen oheisesta listasta (joko luentojen yhteydessä tai emailitse).

Kukin ryhmä tutustuu internetin avulla aihealueeseen liittyviin ohjelmiin, niiden ominaisuuksiin ja esimerkkeihin siitä mitä niillä voi tehdä. Harjoitustyön tuloksista kukin ryhmä pitää puolen tunnin (keskiviikkoisin viimeinen tunti varattu esitelmiin) esitelmän ja laatii kirjallisen raportin aiheesta.

Harjoitustyö arvostellaan ja työstä on mahdollista saada maksimissaan 10 pistettä, jotka lisätään tentin pistemäärään (Tentissä 5 kysymystä, maksimipistemäärä 25) eli kurssin maksimipistemäärä on 35 pistettä. Harjoitustyön hyväksyntä (vähintään 1p) on välttämätön kurssin läpäisemiseksi.

Aihealueet, katso WWW-sivulta
http://www.ks.uiuc.edu/Development/biosoftdb/biosoft.cgi
lista aihealueeseen liittyvistä ohjelmista. Kukin ryhmä valitsee harkintansa mukaan työssä käsiteltävät ohjelmat. Aihe voi olla myös http://www.bii.a-star.edu.sg/research/sbg/cellware/index.asp

  1. DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen (DNA, RNA and Protein Structure Prediction)
  2. Molekyylien rakentaminen (Molecular Building)
  3. Molekyylien interaktio (Molecular Docking)
  4. Molekyylien dynamiikka (Molecular Dynamics)
  5. Molekyylien visualisointi (Molecular Visualization)
  6. Proteiinien rakenneanalyysi ja tunnistaminen (Protein Structure Analysis and Verification)

Harjoitustyössä liittyvissä asioissa voi ottaa yhteyttä kurssin pitäjään Peter Engelhardtiin.

  • Aikaisempia harjoitustöitä:
    Vuoden 2002 kurssi
    Vuoden 2003 kurssi
    Vuoden 2004 kurssi
    (Esityksiä voi käyttää mallina oman harjoitustyön tekemisessä.)

    Tenttikirja

    Tenttiin vaadittavat luvut ilmoitetaan myöhemmin kurssin aikana

    Lisäkirjallisuutta

    Muuta kurssimateriaalia

  • Peter Engelhardt: Electron Tomography of Chromosome Structure
    Encyclopedia of Analytical Chemistry, R.A. Meyers (Ed.), Volume 6, pp. 4948-4984, 2000.
    (Lisämateriaalia kurssiin, ei vaadita tentissä. Artikkeli käsittelee pääasiassa aksiaalielektronitomografiamenetelmiä)
  • Linkkejä

    Kurssi 2005

    Kurssi 2005

    Lisätietoja

    FT Peter Engelhardt
    Teknillinen korkeakoulu, Laskennallisten tekniikan laboratorio
    ja
    Helsingin yliopisto, Haartman Instituutti
    email: Peter.Engelhardt@helsinki.fi


    Tästä sivusta vastaa www@lce.hut.fi
    Sivua on viimeksi päivitetty 12.12.2005
    URL: http://www.lce.hut.fi/teaching/S-114.2500/