LCE Kotisivu

S-114.240 Laskennallisen tekniikan seminaari

Kevät 2005 - Kurssi luennoidaan kaksi kertaa toisiaan täydentävästä aiheesta (2 ov per kurssi):

1. Laskennalliset menetelmät biologisten systeemien ymmärtämisessä

           Face of a wondering engineer        


2. Kokeelliset menetelmät biologisten systeemien ymmärtämisessä


                Human and almost one           Red blood cells

Sisältö

Seminaarien tarkoituksena on harjoitella esitelmän (tutkimuksen) laatimista, esittämistä ja rakentavaa kritisointia.

Kevään 2005 ensimmäisen seminaarin aiheena on: Laskennalliset menetelmät biologisten systeemien ymmärtämisessä. Seminaarin osallistujat jatkavat yhdessä luentomonisteen suunnittelua (edellisen seminaarin tuottaman monisteen pohjalta) TKK:n Bioinformaatioteknologian koulutusohjelman uudelle peruskurssille, jonka nimi on Laskennalliset menetelmät biologisten systeemien ymmärtämisessä.

Kevään 2005 toisen seminaarin aiheena on: Kokeelliset menetelmät biologisten systeemien ymmärtämisessä. Seminaarin osallistujat suunnittelevat yhdessä luentomonisteen (ensimmäisen version) TKK:n Bioinformaatioteknologian koulutusohjelman uudelle peruskurssille, jonka nimi on Kokeelliset menetelmät biologisten systeemien ymmärtämisessä.

Molemmat seminaarit toimivat samalla periaatteella, vain aiheiden fokus on erilainen.

Kukin seminaariin osallistuva opiskelija valitsee henkilökohtaisen aiheen, josta tulee kirjoittaa kirjallinen tutkimus / selvitys, ja joka tulee alustavasti ja lopullisesti esittää seminaarissa. Opiskelijat yhdessä huolehtivat siitä, että luentomonisteesta tulee looginen ja kattava kokonaisuus otsikon mukaisesta aiheesta.

Pääpaino seminaareissa tulee olemaan aiheen modulaarisessa tarkastelussa, eri mittakaavojen ja aikaskaalojen havainnollistamisessa ja kullekin systeemille ja ongelmalle sopivien laskennallisten / kokeellisten menetelmien perusteiden ymmärtämisessä sekä laskennallisesti / kokeellisesti tuotetun tiedon vertaamisessa. Seminaarissa painotetaan ryhmätyön merkitystä ja rakentavaa kritisointia ja keskustelua.

Aikataulu: 1. Seminaari

Alle on merkitty väliraporttien ja loppuesityksen ehdottomat palautuspäivät - työt tulee palauttaa sähköpostilla; myöhästyneitä töitä ei oteta käsittelyyn. Huomatkaa dokumenttiin tulevien kuvien koon optimoin niin, että dokumentin koko ei kasva hulvattomaksi! Dokumentin ensisijainen formaatti on MS Word; myös pdf-dokumentit kelpaavat.

Aika Paikka Aihe Materiaali
Tiistai
18.01.2005
9.15 - 16.00
Innopoli 2
sali E332
ALUSTUSLUENTO:
Materia, mittakaavat ja aikaskaalat: kvarkeista galakseihin, vibraatiovärähdyksistä sydämen lyönteihin, ab initiosta Monte Carloon.

Keskustelua asiakokonaisuudesta ja aihepiirin rajaus yhdessä työmäärittelyn mukaisesti.

Opiskelijoiden seminaaritöiden aiheiden valinta.
Tutustutaan edellisen
kurssin tuottamaan
monisteen pohjaan
Tiistai
15.02.2005
9.15 - 16.00
Innopoli 2
sali D320
Opiskelijoiden seminaaritöiden väliraporttien läpikäyntiä ja pohdintaa.
Asiakokonaisuuden täsmentämistä.
Kurssin väliraportit
Tiistai
01.03.2005
9.15 - 16.00
Innopoli 2
sali E332
Opiskelijoiden seminaaritöiden loppuraporttien pohjalta laaditut esitelmät.
Nauttimista hyvistä ja mielenkiintoisista esitelmistä.

HUOM! ESITYKSET 30 MIN + 5 MIN KESKUSTELUA
Kurssin loppuraportit

Aiemmat hyväksytyt loppuraportit:

Biologisten ilmiöiden mittakaavat --- Teemu Tuulari

Solu ja dna-molekyyli --- Juho Kettunen

Ab initio –menetelmät --- Janne Hautsalo ja Markus Siivola

Molekyylidynamiikka --- Pasi Jylänki

Kokeellisen tiedon ja laskennan yhdistäminen --- Marko Sysi-Aho

Dissipatiivinen partikkelidynamiikka --- Jussi Vatilo

Mesoskaalan menetelmien vertailu --- Tapio Nieminen (vain osa seminaarityötä)

Proteiinien rakenne ja funktio sekä laskostumisen ennustaminen --- Janne Pylkkönen

Viruksen rakenne --- Jaakko Riihimäki

Itsejärjestäytyminen (ja rasva-aineet) --- Janne Ojanen

Neurolaskennan sovellukset biologisten systeemien mallinnuksessa  --- Matti Pöllä


T Ä Ä L L Ä  L U E N T O M O N I S T E E N  U U S I   S U U N N I T E L M A
eli tällä kurssilla toteutettavat täydennykset.


T U L O K S E T


Aikataulu: 2. Seminaari

Alle on merkitty väliraporttien ja loppuesityksen ehdottomat palautuspäivät - työt tulee palauttaa sähköpostilla; myöhästyneitä töitä ei oteta käsittelyyn. Huomatkaa dokumenttiin tulevien kuvien koon optimoin niin, että dokumentin koko ei kasva hulvattomaksi! Dokumentin ensisijainen formaatti on MS Word; myös pdf-dokumentit kelpaavat.

Aika Paikka Aihe Materiaali
Tiistai
15.03.2005
9.15 - 16.00
Innopoli 2
sali E332
ALUSTUSLUENTO:
Materia, mittakaavat ja aikaskaalat -- miten biosysteemejä voidaan tutkia; mitä ja miten mitäkin mitataan?

Keskustelua asiakokonaisuudesta ja aihepiirin rajaus yhdessä työmäärittelyn mukaisesti.

Opiskelijoiden seminaaritöiden aiheiden valinta.
---
Tiistai
12.04.2005
9.15 - 16.00
Innopoli 2
sali E332
Opiskelijoiden seminaaritöiden väliraporttien läpikäyntiä ja pohdintaa - I / II.
Asiakokonaisuuden täsmentämistä.
Kurssin väliraportit
Keskiviikkko
13.04.2005
9.15 - 16.00
Innopoli 2
sali E332
Opiskelijoiden seminaaritöiden väliraporttien läpikäyntiä ja pohdintaa - II / II.
Asiakokonaisuuden täsmentämistä.
Kurssin väliraportit
Tiistai
03.05.2005
9.15 - 16.00
Innopoli 2
sali E332
Opiskelijoiden seminaaritöiden loppuraporttien pohjalta laaditut esitelmät.
Nauttimista hyvistä ja mielenkiintoisista esitelmistä.
Kurssin loppuraportit


T U L O K S E T


Suorittaminen

Seminaariesitelmät (alustava ja finaali eli yhteensä 2 kpl per seminaari) ja kirjalliset (alustava ja finaali eli yhteensä 2 kpl per seminaari) versiot omasta aihepiiristä.
Läsnäolo seminaarin luennoilla on pakollinen kurssin hyväksyttyyn suoritukseen.
Ei tenttiä; seminaarityöt  ja -esitykset arvostellaan.

Kirjallisuus

Luennoilla ilmoitettava materiaali ja kuhunkin aiheeseen liittyvä spesifinen kirjallisuus ja tietolähteet.

Esitiedot

Suositellaan kahden ensimmäisen vuoden matematiikan ja fysiikan opinnot, mutta avoin mieli ja ymmärtämisen halu siivittävät pitkälle.

Kurssin vetäjä & lisätietoja

Dosentti, FT Mika Ala-Korpela
Opettava tutkija
Teknillinen korkeakoulu
Laskennallisen tekniikan laboratorio
Email: mika.ala-korpela@hut.fi
Gsm: 050 35 35 457


Tästä sivusta vastaa www@lce.hut.fi
Sivua on viimeksi päivitetty 21.01.2005 klo 11:00 by mak.
URL: http://www.lce.hut.fi/teaching/S-114.240/k2005/